Церковь Ильи Пророка – уникальный памятник деревянного зодчества конца XVII в. Храм срубили за 6 лет (1690-1696 гг.) из сосновых бревен, углы соединены "в обло".
Ильинская церковь принадлежит к типу ярусных храмов, получивших распространение в деревянном и каменном зодчестве в конце XVII в. Церковь трехъярусная. Первый ярус - четверик, второй – четверик, а третий - восьмерик, увенчанный большой луковичной главой на шее. Композиция здания довольно типична, за исключением второго яруса, большей частью имеющего в таких случаях форму восьмерика. С востока к основному объему храма примыкает пятигранный алтарь, с запада – трапезная и небольшой притвор перед ней. Четверик основного объёма расширяется, образуя повал. Такой прием позволял отбрасывать от стен воду, стекавшую с крыши, и в то же время создавал декоративный эффект.
Главка и шея покрыты городчатым  осиновым лемехом. В интерьере сохранился  портал, отделяющий трапезную от  основного помещения храма. Он обрамлён расписными рамами. Сохранилось более 120 икон пятиярусного иконостаса церкви. В настоящее время большая часть из них  отреставрирована и находится в Кирилло-Белозерском музее-заповеднике.
С 1995 г. в Спасо-Преображенском соборе выставляются две грани "неба". Это иконы "Апостол Петр" и "Апостол Павел" (с сюжетами казни).
В 70-90-е гг. XX в. Белозерский реставрационный участок проводил реставрацию Ильинской церкви. Многолетняя работа по восстановлению икон проводилась специалистами мастерской "Вологодские реставраторы" О.А. Соколовой и В.А. Митрофановым.
В 2008 г. началась реставрация церкви Ильи Пророка.