Церковь апостолов Петра и Павла была построена в 1770 г. на месте древнего женского монастыря.  Композиция храма довольно типична для Белозерска - широкая трапезная, над которой расположена двухъярусная колокольня, основной объём и пятигранный алтарь. Композиция здания имеет интересную особенность: в первом ярусе колокольни устроена маленькая церковь, апсида её алтаря находится над трапезной. Второй восьмигранный ярус колокольни перекрыт колоколообразной кровлей со шпилем. Четверик завершает маленький купол, над ним восьмигранный световой барабан, перекрытый небольшим куполом, с изящной главкой. По краям кровли расположены ещё четыре главки на тонких глухих барабанах. Такое архитектурное решение пятиглавия вкупе с нарядными наличниками окон, карнизами и типичным для белозерских храмов поребриком делало церковь очень лёгкой, стройной. Карниз трапезной и оконные проёмы, разделённые пилястрами,  наводят на мысль о  поздней перестройке храма.
Именно из этой церкви происходит одна из древнейших икон "Апостолы Петр и Павел" (середина XIII в.), находящаяся ныне в Русском музее.
Первоначальный облик церкви до наших дней не сохранился. В середине XX в. была разобрана верхняя часть основного объёма, снесён второй ярус колокольни и с запада была сделана деревянная пристройка.
Сейчас в здании находится  музей истории края.
Восстановление пятиглавия и второго яруса колокольни вернуло бы Белозерску одну из живописнейших архитектурных доминант.